The Messenger of Allah ﷺ would recite in the first rakah of the witr prayer "Glorify the name of your Lord, the Most High," in the second "Say, O disbelievers," and in the third "Say, He is Allah, the One."
أخبرنا إسحق بن إبراهيم قال أنبأنا عيسى بن يونس عن سعيد بن أبي عروبة عن قتادة عن سعيد بن عبد الرحمن بن أبزى عن أبيه
كان رسول الله ﷺ يقرأ في الركعة الأولى من الوتر بسبح اسم ربك الأعلى وفي الثانية بقل يا أيها الكافرون وفي الثالثة بقل هو الله أحد